朱氏的易学思想主要见《三易备遗》。此书的基本思想是根据《周礼》记载三易之说而加以立发，提出三易是由不同人而作，为不同时代所用。“《连山》作于伏羲，用于夏；《归藏》作于黄帝，用于商；《周易》作于文王，用于周”（《自序》）。《连山易》是三易之首，《说卦》云：“艮，东北之卦也，成物之成终而成始也。”又云：“终万物始万物者莫盛乎艮。”因推崇艮山，卦以艮为首，故称“连山”。《连山易》作于伏羲，即伏羲易，也被子称为先天学。《归藏易》则推崇坤卦，坤有藏之义，《说卦》云：“坤以藏之。”故卦以“纯坤为首，坤为地，万物莫不归而藏于其中”，故称为“归藏”。《归藏易》为黄帝所作，又称“黄帝易”，此易是中天学也。《周易》作于文王，以乾为首，称为后天之学。虽然易有三，并为不同时代所用，但从内容言之，“实相贯通”，“《连山》首艮，《归藏》首坤，《周易》首乾，其经卦皆八，其别皆六十有四。”（同上）从其本原而言，先天易是本，中天易、后天易皆源于先天易。先天易由八卦按照加一倍法演为六十四卦。中天易以天干十地支十二本配以成六四，配之六十四卦，其理相合，他指出：“夫《归藏》虽自黄帝而作，实循伏羲之卦序。案《汉书.律历志》曰：‘伏羲画八卦，由数起，至黄帝而大备。’是知伏羲易与黄帝易一以贯之而已。“（卷五）文王易是在改造了伏羲易的基础上而成的。他说：“周文王通其变而演其义，取六十四卦而约为三十六卦是为《周易》。”（同上）在此他强调《周易》与伏羲易相连贯，显然与朱熹观点截然不同，表明了他对朱熹关于伏羲易、文王易各成体系强烈的不满。他说：“后世之学者不察夫子之辞，是以昧伏羲文王制作，谓伏羲易自伏羲易，文王易自文王易，甚失。”（卷八）即是其证。

他用神秘的天命论解释三易传授，认为周公辅佐成王设官分职，命筮人并掌三易，“孔子为天下木铎黜八索，阐十翼，韦编三绝而《周易》系矣，之杞而得夏时焉，之宋而得坤乾焉”，“而《连山》、《归藏》易传矣。”宋代陈抟邵雍之德，传授先天之学，“包罗万象，该括三易，本领正大，规模宏远”，皆是“天未丧斯文”，是“天又将以斯易托斯人也”。他炮制天命授易系统，标榜自己的易学研究也出自天意，以此上起人们对其研究的关注。他说：“呜呼，易固附也，天固兴之；易固晦也，天固彰之。天之心欲以斯易福斯世也，昭昭矣。元升结发读书，冥心易学，慨皇王之道泯泯没没其不绝者。”（自序）这里显然是将自己置入这个神秘的传授系统中，其目的是不言自明的。