道光三年(1823)，应童子试。

道光六年(1826)考取县学生员。第二年恩科第一，同时诸名士皆出其下。时与顺德县卢同伯、南海县桂文耀、同邑杨荣绪有“四俊”之称。

道光十一年(1831)，举优行贡生。十二年(1832)中举人。此后自道光十三年至咸丰二年(1833～1852)先后六应会试，均名落孙山。

道光十四年(1834)，澧入著名学者阮元督粤时创设的“学海堂”为专课生。

道光二十年十月(1840年11月)，澧被聘为“学海堂”学长，达27年之久，培养出不少高才生，当时学者称为“东塾学派”。

道光二十九年正月(1849年2月)，大挑二等，澧被选授广东河源县学训导。三十年十一月至咸丰元年元月(1850年12月至1851年2月)，到任两月，告病而归。咸丰六年(1856)，他被挑选知县，到班不愿出仕，请京官职衔，得国子监学录。

咸丰六年六月(1856年7月)，撰成《汉儒通义》七卷。挑选知县，陈不愿出仕，授国子监学录。从此绝意仕途，专心著述讲学。

咸丰八年十月(1858年11月)撰成《声律通考》十卷，这是一部关于中国音乐史的专著。

同治六年(1867)，广东盐运使方子箴在巡抚蒋益澧（字芗泉，湖南湘乡人）的大力支持下，将越秀山西偏之“长春仙馆”改建为“菊坡精舍
”(书院)，聘请陈澧担任该校山长，澧辞再三，乃敬从。前后执教数十年，提倡朴学，所造就者甚多，形成“东塾学派”。

光绪八年正月二十二日(1882年3月11日)，陈澧因病去世，享年73岁。

陈澧对天文、地理、乐律、算术、古文、骈文、诗词、篆、隶、真、行书，无不研究。25岁时，开始著书。早年著作，以乐律、音韵为中心，撰《声律通考》，详考古今声律的差异，以探求和保存古乐，又作《琴谱律》、《箫谱》；作《切韵考》，附《外篇》，专门研究古代切韵。地理学方面，以著《汉书地理志水道图说》最重要，指出地理之学，当自水道始，知汉水道，则可考郡县，又有《水经注西南诸水考》，纠正郦道元述西南诸水之误。同治三年（1864），应广东巡抚郭嵩焘之聘，负责总核《广东舆地图》。咸丰五年（1855）起，编纂《汉儒通义》，咸丰八年刊刻行世。该书集汉儒义理之说，论证汉宋各学派门户之见无据，应求其通。同年，开始撰写《学思录》通论古今学术，积稿数百册，但未及完成。同治十年（1871），大病几死，愈后感全书不易完成，遂撷取原稿部分内容，写定为《东塾读书记》，全书内容包含对经学源流得失的研讨，兼及九流诸子、西汉以后的学术，其中主要部分是对经学的研究，而关于音韵学的论述，更为精粹。该书传到日本，为日本高等学校治汉学专业的必读书。史学著作最重要者为《申范》，为《后汉书》作者范晔辨诬。此外还主修同治《番禺县志》、《香山县志》，参加光绪《广州府志》的纂修。数学著作有《弧三角平视法》、《三统术详说》。据不完全统计，生平著述达120余种。

晚年，复致力刊行重要典籍，得盐运使方浚颐之助，设书局主持其事，先后刊行《十三经注疏》、《四库全书提要》、《通典》、《续通典》等。光绪七年（1881），朝旨赏给五品卿衔。翌年正月二十二日（1882年3月11日），病逝于广州。