明帝亲宠

耿秉体魄魁梧，腰带八围。博通书籍，能够解说《司马兵法》，尤其喜好将帅用兵谋略。因为父亲耿国的功勋而被任用为郎官，屡次上书谈论军事。曾认为中原空虚消耗，边疆不安定，问题就出在匈奴。用战争消灭战争，是有盛德的君王的方法。汉明帝已经有心北伐，暗中很赞同他的意见。永平年间，汉明帝征召耿秉到宫中，询问他前后所奏的有利国家的谋略，拜任他为谒者仆射，于是耿秉被汉明帝亲近宠幸。每次公卿集会议事，汉明帝常常带耿秉上殿，拿边疆之事询问他，大多很对汉明帝的心思。

不战而还

永平十五年（72年），耿秉上书朝廷请求攻打北匈奴。汉明帝便让耿秉、窦固和太仆祭肜、虎贲中郎将马廖、下博侯刘张、好畤侯耿忠等人共同商议攻打北匈奴。耿秉说：“从前匈奴有游猎部落的援助和其他蛮族的依附，所以不能将它制服。在汉武帝时得到武威、酒泉、张掖、敦煌等河西四郡及居延、朔方以后，匈奴便失去富饶的养兵之地，断绝了羌、胡关系，势力范围只剩下西域，而西域不久也依附了汉朝。所以，呼韩邪单于到边塞请求归属，乃是大势所趋。如今的南匈奴单于，情形与呼韩邪单于相似。但目前西域尚未依附汉朝，而北匈奴也没有挑衅作乱。我认为应当首先进攻白山，夺取伊吾，打败车师，派使者联合乌孙各国以切断匈奴的右臂。在伊吾还有一支匈奴南呼衍的军队，如果将他们打败，便又折断了匈奴的左角，此后就可以对匈奴本土发动进攻了。”汉明帝对他的建议表示赞许。但商议的大臣中有人认为：“如今进攻白山，匈奴必定集合部队救援，我们还应当在东方分散匈奴兵力。”汉明帝同意。同年十二月，任命耿秉为驸马都尉，窦固为奉车都尉，骑都尉秦彭为耿秉的副手，耿忠为窦固的副手，全都设置从事、司马等属官，出京屯驻凉州。永平十六年（73年）二月，汉明帝派太仆祭肜与度辽将军吴棠率领河东、河西的羌人、胡人部队和南匈奴单于的部队，共一万一千骑兵，出高阙（今内蒙古狼山中部计兰山口）塞；派窦固、耿忠率领酒泉、敦煌、张掖三郡郡兵和卢水的羌人、胡人部队，共一万二千骑兵，出酒泉（郡治禄福，今甘肃酒泉）塞；派耿秉、秦彭率领由武威、陇西、天水等三郡募士和羌人、胡人部队，共一万骑兵，出张掖居延（今内蒙古额济纳旗东）塞；派骑都尉来苗、护乌桓校尉文穆率领太原、雁门、代郡、上谷、渔阳、右北平、定襄等七郡郡兵和乌桓、鲜卑部队，共一万一千骑兵，出平城（今山西大同东北）塞，一同讨伐北匈奴。耿秉和秦彭进攻北匈奴匈林王，横越沙漠六百里，到达三木楼山后，因北匈奴都已逃走，于是不战而还。此战只有窦固和耿忠一路大军有所收获，斩杀北匈奴一千余人，夺取伊吾卢地区，并设置宜禾都尉。

平定车师

永平十七年（74年）夏天（《资治通鉴》作十一月），汉明帝派耿秉和奉车都尉窦固、骑都尉刘张都出敦煌郡昆仓塞，进攻西域。命耿秉、刘张都交出调兵兵符，归属窦固调遣。汉军集合部队共一万四千人，在蒲类海边打败白山的北匈奴部队，于是进军攻打车师国。车师国有车师后王和车师前王，车师前王是车师后王的儿子，两个王庭相距五百余里。窦固认为车师后王之地路远，山谷深险，士兵将受到寒冷的折磨，因而打算进攻车师前王。但耿秉认为应当先去打车师后王，集中力量除掉老根，那么车师前王将不战自降。窦固思虑未定，耿秉奋然起身道：“请让我去打先锋！”于是跨上战马，率领所属部队向北挺入。其他部队不得已而一同进军，斩杀数千敌人。车师后王安得震惊恐惧，带领几百骑兵出来迎接耿秉。但窦固的司马苏安想把全部功劳都归窦固，立即骑马去对安得说：“汉朝尊贵的将领只有奉车都尉窦固，他是天子的姐夫，爵位是通侯，应先向他投降。”安得于是返回去，改派他的部将迎接耿秉。耿秉非常愤怒，披甲上马，指挥他的精锐骑兵径直到窦固军营，说道：“车师后王说要投降，到现在还不来，请让我去砍下他的脑袋。”窦固大惊说：“暂且停住，那样会坏了大事！”耿秉高声说：“接受投降就如同遭受敌人攻击。”于是打马直奔安得。安得惊慌，便走到城门外面迎接耿秉，摘去王冠，抱住马腿投降。耿秉便带着安得去拜见窦固。车师前王也随之投降。车师便全部平定，大军回国。东汉朝廷重新设置西域都护、戊己校尉，东汉逐渐恢复对西域的控制。

击败匈奴

永平十八年（75年）八月，汉章帝即位，任命耿秉为征西将军。派他巡视凉州边境，慰劳赏赐城堡营寨的羌人、胡人。十一月，戊己校尉耿恭遭北匈奴围困，汉章帝派耿秉屯驻酒泉郡，代理太守酒泉职务；派酒泉太守段彭与谒者王蒙、皇甫援征发张掖、酒泉、敦煌三郡郡兵及鄯善的军队，共七千余人，前往救援耿恭。建初元年（76年），汉章帝任命耿秉为度辽将军。耿秉在边疆任职七年，匈奴人怀念他的恩德信誉。后耿秉受召任执金吾，很受汉章帝亲近器重。汉章帝每次巡视郡国及驾幸宫殿台观，耿秉常常率领禁军护卫于左右。汉章帝任命耿秉的三个儿子做郎官。章和二年（88年）十月十七日，汉章帝任命窦宪为车骑将军，讨伐北匈奴。任命耿秉征西将军，作为窦宪的副统帅，征调北军屯骑、越骑、步兵、长水、射声五校兵和黎阳营、雍营、边疆十二郡的骑兵，以及羌人、胡人部队，出塞征讨北匈奴。永元元年（89年）六月，窦宪、耿秉从朔方郡鸡鹿塞（今内蒙古磴口县西北哈萨格峡谷口）出发，南匈奴单于从满夷谷（今内蒙古固阳县）出发，度辽将军邓鸿从稒阳塞（今内蒙古固阳县境）出发。三路大军预定在涿邪山涿邪山（今蒙古西部、阿尔泰山东脉）会师。窦宪分别派遣副校尉阎盘、司马耿夔、耿谭，率领南匈奴一万余精锐骑兵，同北匈奴单于在稽落山（今蒙古汗呼赫山脉）会战。大败北匈奴军，北匈奴单于逃走。汉军追击北匈奴各部落，于是到达私渠北鞮海（乌布苏诺尔湖），共斩杀大部落王以下一万三千人，生擒者甚多，还俘获各种牲畜百余万头。由副王、小王率众前来投降的，先后有八十一部、二十余万人。窦宪、耿秉出塞三千余里，登上燕然山（今蒙古境内杭爱山），命令中护军班固刻石建立功碑，记录东汉的国威和恩德，然后班师回朝。九月，耿秉因此战的功劳被封为美阳侯，食邑三千户。

去世

耿秉生性勇敢，而且处事简练，行军时常常自己披着铠甲走在前面，停下来休息时不安营扎寨，但也把哨兵放得远远的，明确誓约，有紧急情况，军阵马上排成，士兵都乐意效死。永元二年（90年），耿秉代替桓虞担任光禄勋。永元三年（91年）夏天，耿秉去世，时年五十多岁。汉和帝赐给朱棺、玉衣，命将作大匠为其挖墓，给予奏军乐的待遇，五营骑兵三百多人送葬。谥号桓侯。匈奴人听说耿秉去世，全国民众大哭，有人甚至割脸流血以表达心中的悲痛。