授翰林修撰、同知制诰，兼国史院编修官。累官翰林院直学士、侍讲学士、中书省参议，至正二十年，帝欲重修 上都宫阙、大兴工役。陈祖仁上书进谏：上都被毁，皇帝日夜 痛心，“然而当今四海未清，疮夷未治，而仓库空虚、财用将尽。 驱使疲惫之民赋大役，使田耕荒废，不异于扼其吭、夺其食而 速其毙。”今日当务之急是恢复民力。愿皇帝“亲贤臣、远邪 佞，赏罚分明以驱动能士，达到国家治理为宜。”帝赞赏而采纳。至正二十三年（1363），陈祖仁任侍御史。弹劾宦官不法， 疏谏太子外接不法，触怒皇上。放外任甘肃行省参知政事。 至正二十四年，任山北道肃政廉访使。后任国子祭酒，又任枢 密副使，因多次上疏言军政利害、未被采纳而辞职。后被召 回，历任翰林院学士，中书参知政事，太常礼仪院使。至正二 十七年，上书荐举扩廓帖木儿以救朝廷危急，未被采纳。次年，奉命守太庙神主。明军攻破京城，陈祖仁死于乱军之中。陈祖仁负气刚正，坦诚进言，尽职尽责。其学识博而精、 才学通达。能诗文，文质朴而诗清丽，为世人称道。