南唐开国时，因为多才艺，先主李昪任命他为秘书郎，让他与太子李璟交游。后来李璟为元帅，冯延巳在元帅府掌书记。李璟登基的第二年，即保大二年(944年)，就任命冯延巳为翰林学士承旨。到保大四年(946年)，冯延巳终于登上了宰相的宝座。第二年，陈觉、冯延鲁举兵进攻福州，结果死亡数万人，损失惨重。李璟大怒，准备将陈觉、冯延鲁军法处死。冯延巳为救两人性命，引咎辞职，改任太子太傅。保大六年(948年)，出任抚州节度使。在抚州呆了几年，也没有做出什么政绩。到了保大十年(952)，他再次荣登相位。
延巳当政期间，先是进攻湖南，大败而归。后是淮南被后周攻陷，冯延鲁兵败被俘，另一宰相孙晟出使后周被杀。958年，冯延巳被迫再次罢相。当时朝廷里党争激烈，朝士分为两党，宋齐丘、陈觉、李征古、冯延巳等为一党，孙晟、常梦锡、韩熙载等人为一党。几次兵败，使得李璟痛下决心，铲除党争。于958年下诏，历数宋齐丘、陈觉、李征古之罪，宋齐丘放归九华山，不久就饿死在家中，陈觉、李征古被逼自杀。至此，宋党覆没。而冯延巳属于宋党，居然安然无恙，表明李璟对冯延巳始终信任不疑，也可能是冯延巳作恶不多。罢相两年后，即公元960年，冯延巳因病去世，终年五十八岁。也就是这一年，赵匡胤夺取天下，建立起北宋王朝。再过一年(961)，李璟去世，李煜即位。